Menjelang akhir Perang Dunia II pada tahun 1945, Jepang menghadapi kehancuran yang meluas akibat pengeboman Amerika, yang menghancurkan kota demi kota. Hotaru no Haka, juga dikenal sebagai Makam Kunang-kunang, adalah kisah Seita dan adik perempuannya, Setsuko, dua anak Jepang yang hidupnya porak-poranda akibat perang yang brutal. Mereka kehilangan ibu, ayah, rumah, dan masa depan yang cerah—semua akibat tragis perang.

Sekarang yatim piatu dan tunawisma, Seita dan Setsuko tak punya pilihan selain mengembara melintasi pedesaan, dilanda kelaparan dan penyakit. Dihadapkan dengan sikap apatis orang dewasa di sepanjang jalan, mereka menyadari bahwa keadaan yang menyedihkan dapat membuat orang yang paling baik sekalipun menjadi kejam, tetapi harapan masa muda mereka bersinar terang di hadapan kesulitan yang tak henti-hentinya, mencegah kedua bersaudara itu untuk segera menyerah pada nasib yang tak terelakkan.