Kamizaka Haruhi, yang diselamatkan oleh seorang penyihir saat masih kecil, selalu menginginkan menjadi penyihir sendiri. Oleh karena itu, ia mendaftar ke sekolah khusus yang membagi kelas reguler dan kelas sihir menjadi dua bagian terpisah. Bersama dengan rival sekaligus sahabatnya, Hiiragi Anri, mereka belajar sihir bersama sambil ia mencari pemuda yang menyelamatkannya bertahun-tahun lalu, untuk memberinya cokelat Valentine.