Di dunia yang dihuni oleh orang-orang yang tingginya hanya beberapa inci, wanita muda Hakumei dan Mikochi tinggal bersama di sebuah rumah yang dibangun di atas pohon. Hakumei adalah seorang tukang kayu yang energik dan tomboi, sedangkan Mikochi adalah seorang penjahit yang feminin dan tenang. Terlepas dari perbedaan mereka, mereka rukun dan menghabiskan hari-hari mereka dengan bersenang-senang menjalani hidup di hutan.

Mereka berdua menghabiskan waktu dengan bekerja, bertamasya, dan berbelanja di Pasar Tsumiki di tepi laut. Mereka mendapatkan banyak teman di sepanjang jalan, baik itu makhluk hutan seperti Iwashi si Musang atau sesama manusia miniatur seperti penyanyi Konju dan penemu Sen. Hakumei to Mikochi adalah sebuah pandangan yang santai ke dalam kehidupan sehari-hari para karakter utama saat mereka menjelajahi dan berinteraksi dengan dunia kecil mereka yang seolah-olah berasal dari negeri dongeng.