Lahir dari kepompong di desa Old Home, seorang Haibane muda—makhluk dengan halo dan sayap abu-abu kecil—bangun ke dunia yang tidak ia pahami tanpa kenangan akan masa lalunya. Dinamakan Rakka karena mimpi jatuh yang ia alami saat berada di dalam kepompong, ia segera terbiasa dengan kehidupan di kota aneh tersebut. Namun, ada aturan ketat bagi Haibane, seperti dilarang meninggalkan desa atau mendekati dinding yang mengelilinginya. Aturan-aturan ini, bersama dengan hilangnya secara misterius sesama Haibane pada “Hari Terbang” mereka, mulai mengganggu Rakka dan yang lainnya karena mereka hampir tidak tahu apa-apa tentang jenis mereka sendiri.

Saat Rakka dan Haibane lainnya hidup tanpa kenangan masa lalu, mereka berusaha melepaskan diri dari penderitaan masa lalu dan pada akhirnya menemukan penebusan.