Gugure! Kokkuri-san adalah komedi eksentrik yang berpusat pada Kohina Ichimatsu, seorang boneka yang mengaku dirinya sendiri. Kehidupannya yang biasa-biasa saja berubah dari biasa menjadi absurd ketika ia memanggil roh rubah bernama Kokkuri-san. Namun, bertentangan dengan kepercayaan umum, ia bukan lagi roh mahatahu dan pemberi jawaban seperti dalam legenda. Hilangnya orang-orang beriman dalam masyarakat modern telah membuatnya tak berdaya.

Setelah bertemu dengan gadis aneh yang memanggilnya, Kokkuri-san terkejut mengetahui bahwa Kohina tidak hanya hidup sendiri, tetapi juga bertahan hidup hanya dengan mi ramen cup! Dipenuhi rasa peduli terhadap gadis muda itu, ia bertekad untuk memastikan Kohina mendapatkan makanan yang layak dan menjalani kehidupan yang layak. Maka dimulailah usaha Kokkuri-san yang kurang memuaskan dan kehidupan mereka yang aneh bersama.