Ketika Yun Arikawa dan rekannya, Haberu Katou, menyelidiki sebuah rumah yang dikabarkan berhantu, hal terakhir yang mereka harapkan adalah tersandung pada misteri yang akan segera menyelimuti seluruh planet. Saat mengukur sinyal radio yang aneh, mereka menerima telepon dari Mei Kamino, seorang mahasiswa pascasarjana yang sedang menyelidiki sinyal yang sama dan menggunakan peralatan yang dipasang oleh perusahaan mereka sebelumnya.

Setelah malam yang aneh, Yun kembali bekerja di Pabrik Ootaki, sebuah perusahaan teknologi yang sebenarnya ada untuk memproduksi Jet Jaguar-robot yang diimpikan oleh ahli teori konspirasi Gorou Ootaki. Namun, ketika makhluk terbang mirip dinosaurus yang dikenal sebagai Rodan tertarik pada sinyal radio yang aneh, Jet Jaguar tampaknya menjadi satu-satunya kekuatan yang mampu melawan mereka. Saat Yun dan Mei menyelidiki kemunculan Rodan yang tiba-tiba, monster yang lebih berbahaya mulai muncul dari lautan-bersama dengan debu merah yang penuh teka-teki.