Tahunnya adalah 2071. Umat manusia telah didorong ke ambang kepunahan setelah kemunculan monster pemakan manusia yang disebut “Aragami” yang memiliki kekebalan terhadap persenjataan konvensional. Mereka memporak-porandakan bumi, memakan hampir semua yang dilewatinya dan tidak menyisakan apa pun. Untuk memerangi mereka, sebuah organisasi bernama Fenrir dibentuk sebagai upaya terakhir untuk menyelamatkan umat manusia melalui penggunaan “Pemakan Dewa” – manusia khusus yang ditanami sel Oracle, yang memungkinkan mereka untuk menggunakan God Arc, satu-satunya senjata yang diketahui mampu membunuh Aragami. Salah satu God Eater tersebut adalah Lenka Utsugi, Tipe Baru yang memiliki God Arc dalam bentuk pedang dan senjata.

Sekarang, sebagai salah satu senjata terhebat Fenrir, Lenka harus menguasai God Arc-nya jika ingin memenuhi keinginannya untuk memusnahkan Aragami untuk selamanya. Monster-monster terus lahir secara massal sementara sisa-sisa umat manusia berjuang untuk bertahan hidup di malam hari. Hanya Pemakan Dewa yang berdiri di antara Aragami dan pemusnahan total umat manusia.