Edo adalah kota yang menjadi pusat semangat dan ambisi para samurai dari seluruh negeri. Namun, setelah Jepang feodal menyerah kepada makhluk asing yang kuat yang dikenal sebagai “Amanto,” impian-impian tersebut kini tampak tak tercapai. Dengan shogunate yang pernah berkuasa kini menjadi pemerintahan boneka, undang-undang baru segera diberlakukan yang melarang semua pedang di tempat umum.

Masuklah Gintoki Sakata, seorang pria eksentrik berambut perak yang selalu membawa pedang kayu dan tetap mempertahankan statusnya sebagai samurai meskipun ada larangan. Sebagai pendiri Yorozuya, sebuah usaha kecil yang mengerjakan berbagai pekerjaan aneh, Gintoki sering kali melakukan berbagai usaha untuk membantu orang lain—meskipun biasanya dengan cara yang aneh dan tak terduga.

Didampingi oleh Shinpachi Shimura, seorang anak laki-laki berkacamata yang konon sedang belajar cara menjadi samurai; Kagura, seorang gadis tomboy dengan kekuatan super dan nafsu makan yang tak pernah habis; dan Sadaharu, anjing peliharaan raksasa mereka yang suka menggigit kepala orang, Yorozuya menghadapi segala macam hal, mulai dari bangsawan alien hingga perkelahian dengan geng lokal di dunia Edo yang terus berubah.