Setelah pertempuran sengit di Rakuyou, masa lalu yang tak terhitung dan tujuan sebenarnya dari pemimpin Naraku yang abadi, Utsuro, akhirnya terungkap. Dengan merusak cadangan Altana di beberapa planet, Utsuro telah berhasil memicu intervensi musuh terbesar Tendoshuu: Tentara Pembebasan Altana. Dengan Bumi sebagai medan pertempuran utama dalam perang antarplanet ini, rencana besar Utsuro untuk menghancurkan planet ini-dan dirinya sendiri-hampir selesai.

Serangan terhadap Terminal Pusat O-Edo menandai dimulainya pertempuran terakhir untuk merebut kembali tanah para samurai. Dengan Yorozuya yang tidak terlihat, bakufu yang runtuh, dan Shogun yang hilang, orang-orang tidak berdaya saat Tentara Pembebasan mulai menjarah Edo demi membebaskan mereka dari kekuasaan Tendoshuu.

Terperangkap dalam baku tembak antara dua kekuatan yang sama-sama kuat, dapatkah Gintoki, Kagura, Shinpachi, dan para mantan murid Shouyou Yoshida mengesampingkan perbedaan mereka dan menyatukan sekutu mereka untuk melindungi apa yang mereka pegang teguh?