Siswa SMA dan pemain game Suigin Riku bersekolah di Akademi Swasta Shinryou yang bergengsi, sebuah sekolah untuk kalangan elit dan anak-anak orang kaya. Namun, kaya atau kaya bukanlah kata yang tepat untuk menggambarkan Suigin; pada kenyataannya, dia sangat miskin dan harus bekerja paruh waktu untuk membayar uang sekolahnya. Dalam salah satu pekerjaannya, dia menyelam ke dalam kolam untuk menyelamatkan kucing peliharaannya, karena dia sadar bahwa dia tidak bisa berenang. Untungnya, dia diselamatkan oleh Rei Riku, putri pengembang game yang cantik dan populer, dan dia jatuh cinta padanya.

Dia juga tertarik pada gadis lain: teman baru yang ditemuinya di Dungeon Century, RPG online favoritnya. Namun, ketika game tersebut dijadwalkan untuk ditutup, dia tahu petualangannya dengan gadis itu akan segera berakhir. Namun, sehari setelah game tersebut ditutup, dia mengetahui bahwa Rei dan gadis online itu adalah satu dan sama. Segera setelah itu, Rei memberikan Suigin sebuah game baru yang dimaksudkan untuk menggantikan Dungeon Century-game perampokan makam yang disebut Grave Buster. Namun, ketika Rei tiba-tiba diculik, Suigin ditarik ke dalam Grave Buster untuk menyelamatkannya.

Gin no Guardian mengikuti Suigin saat dia bermain melalui Grave Buster untuk menyelamatkan Rei, sambil mengungkap rahasia yang tersembunyi di dalam game.