Dalam keputusasaan, Edward Elric mengorbankan tubuh dan jiwanya untuk menyelamatkan saudaranya, Alphonse, dan kini terperangkap di jantung Munich, Jerman. Ia berjuang untuk beradaptasi dengan dunia yang sepenuhnya asing baginya di tengah krisis ekonomi yang melanda pasca berakhirnya Perang Dunia I. Terisolasi dan tidak dapat kembali ke rumah dengan keahlian alkimianya, Edward terus meneliti metode lain untuk melarikan diri dari penjara bersama rekan-rekannya yang memiliki kemiripan mencolok dengan banyak orang yang ditinggalkannya. Ketidakpuasan mulai merebak di kalangan warga Jerman, dan negara-negara tetangganya juga merasakan ketidakstabilan dari negara yang terhina.

Sementara itu, Alphonse terus menyelidiki hilangnya Edward, menyelami ilmu alkimia dengan harapan akhirnya dapat bersatu kembali dengan kakak laki-lakinya.