Kisah Fortune Arterial berkisah tentang tokoh utama pria, Kohei Hasekura, yang pindah ke sekolah negeri bergengsi dengan gaya sekolah enam tahun ala sekolah Inggris yang terdiri dari murid-murid SMP dan SMA. Sekolah ini berada di sebuah pulau bernama Pulau Tamatsu di lepas pantai daratan Jepang, dan satu-satunya cara untuk mencapainya adalah dengan perahu. Segera setelah pindah, dia menemukan bahwa salah satu siswa di kelas sebelahnya, Sendo Erika, ternyata adalah sejenis vampir.