Dua tahun yang lalu, dunia berubah selamanya. Cloud Strife muda dan kelompok temannya mungkin telah mengalahkan Sephiroth dan menggagalkan rencananya untuk menabrakkan meteor raksasa ke Bumi, tetapi kemenangan ini tidak datang tanpa harga yang besar. Kota Midgar yang padat penduduknya hampir hancur dalam konflik tersebut. Beruntung, banyak warga kota berhasil dievakuasi ke tempat aman, dan dalam tahun-tahun berikutnya mereka membentuk rumah baru yang disebut Edge.

Final Fantasy VII: Advent Children berpusat pada Cloud dan Tifa saat mereka berusaha membangun kehidupan baru bagi diri mereka sendiri dan orang-orang di sekitar mereka di kota baru ini. Bersama-sama, mereka mengelola layanan kurir dan merawat Marlene, anak angkat teman mereka Barret, serta seorang anak yatim piatu bernama Denzel. Denzel, Cloud, dan puluhan anak lainnya menderita penyakit misterius bernama “Geostigma.”

Anak-anak kota ini menghadapi ancaman lain yang mengintai di atas kepala mereka—sekelompok tiga pria berkuasa menculik anak-anak yang terinfeksi tanpa alasan yang jelas. Cloud bertekad menyelamatkan anak-anak ini, tidak hanya dari Geostigma, tetapi juga dari penculik. Namun, ia tidak menyadari bahwa pria-pria ini memiliki hubungan dengan musuh lamanya, Sephiroth, dan misi Cloud untuk mengalahkan mereka akan membawanya kembali berkonflik dengan setan-setan masa lalunya. Jika ada harapan untuk mengalahkan ancaman-ancaman ini, harapan itu terletak pada ikatan persahabatan antara Cloud dan sekutunya yang pernah menyelamatkan dunia, dan kini harus melakukannya lagi.