Perang Cawan Suci Kelima terus berlanjut, dan kekacauan yang terjadi menghasilkan taruhan yang lebih tinggi bagi semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Dia berangkat untuk mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan pembunuhan yang dilakukannya, bertekad untuk mengalahkannya.

Sementara itu, Shinji Matou menjalankan rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui adiknya, Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka bertempur melawan Shinji, berharap dapat membebaskan Sakura dari perlakuan buruk kakaknya. Namun kebenaran yang buruk dari Matou bersaudara mulai muncul ke permukaan, dan banyak rahasia gelap yang terungkap.

Film Takdir/Malam Menginap: Heaven’s Feel – II. Lost Butterfly terus berfokus pada Master dan Servant yang tersisa saat mereka bertarung satu sama lain dengan harapan mendapatkan Cawan Suci. Namun, ketika kegelapan muncul di dalam Kota Fuyuki, bahkan keadaan perang suci mereka pun bisa berada dalam bahaya.