Setelah menyerah pada nasib yang tidak menyenangkan, Kiritsugu Emiya telah meninggalkan Shirou Emiya dengan tugas untuk menyelamatkan umat manusia sebagai penggantinya. Dunia sedang sekarat dan waktu terus berjalan, tetapi ketika keselamatan yang dicari Shirou harus mengorbankan satu-satunya keluarganya yang tersisa-adik perempuannya-apakah ia masih tega melakukan tugas ini?

Shirou kini terdesak dengan pilihan untuk terus menjadi pahlawan keadilan-atau menjadi kejahatan yang telah menjadi cita-citanya untuk ditumpas. Anak yatim piatu itu sendirian sekali lagi, namun tubuhnya masih terbuat dari pedang. Perang Cawan Suci Kelima sekarang dimulai dengan sumpahnya di bawah salju.