Di pegunungan Fiore utara terdapat Desa Api, tempat peninggalan berwarna biru subur yang dikenal sebagai Batu Phoenix diawetkan. Dipercayakan kepada seorang wanita misterius bernama Éclair, batu ini konon mengandung kekuatan burung phoenix kuno. Dia mengembara di tanah sendirian dan melindungi batu itu dari bahaya, meskipun tidak memiliki ingatan mengapa batu itu dititipkan kepadanya dan hanya memiliki ingatan samar-samar ke mana dia harus membawanya.

Setelah bertemu dengan guild penyihir Fairy Tail, Éclair menerima tawaran dari Natsu Dragneel dan teman-temannya untuk membantunya mengungkap misteri yang menyelimuti batu tersebut. Namun, di tengah perjalanan kelompok ini, Éclair tiba-tiba diserang dan batu tersebut dirampas darinya. Dengan ini, niat jahat untuk menghidupkan kembali burung phoenix yang berkobar karena kekuatannya yang tak tertandingi terungkap, dan para penyihir Fairy Tail mendapati diri mereka berada dalam situasi yang dapat menimbulkan malapetaka. Mereka sekarang harus bekerja sama untuk mencegah kebangkitan burung phoenix dan menyelamatkan dunia dari kehancuran.