Di dunia pasca-apokaliptik, satu-satunya pemukiman manusia yang tersisa di Jepang adalah kota Tokyo-3 yang dijaga ketat. Shinji Ikari yang berusia empat belas tahun dibawa ke markas NERV, sebuah organisasi bawah tanah yang dipimpin oleh mantan ayahnya, Gendou. Ia meminta Shinji untuk menjadi pilot “Evangelion”, sebuah android kolosal yang diciptakan untuk melawan makhluk alien mengerikan dan destruktif yang dikenal sebagai “Angels” yang mendatangkan malapetaka di planet ini dan mengancam kelangsungan hidup umat manusia yang tersisa.

Meskipun awalnya enggan, Shinji terbujuk oleh gagasan untuk berdamai dengan ayahnya, dan setuju untuk membantu upaya berbahaya umat manusia melawan ancaman alien, sebagai pilot Evangelion Unit-01. Terdorong ke tengah medan perang yang berbahaya, Shinji harus menemukan keberanian dan tekad yang diperlukan untuk menghadapi serangan para Angels sebelum terlambat.