Kisah ini berlatar belakang di pulau terpencil Iwado di Okinawa, yang telah mengalami perkembangan gerakan yang menganjurkan kembalinya pemerintahan otonom. Ao Fukai, seorang anak laki-laki berusia 12 tahun yang kehilangan ayahnya, tinggal di pulau itu bersama seorang dokter tua bernama Toshio dan akan memasuki sekolah menengah. Ibu Ao diculik satu dekade yang lalu oleh orang tak dikenal. Naru Arata, teman masa kecil Ao yang berusia 12 tahun dan tokoh utama dalam cerita ini, tinggal bersama ayah, kakak perempuan, dan neneknya. Dia memiliki kekuatan “Yuta” yang terbangun di dalam dirinya karena sebuah insiden ketika dia masih muda. Entitas misterius yang disebut “Secret” tiba-tiba muncul dan meluncurkan serangan terhadap makhluk hidup Scub Coral di pulau itu. Ao meluncurkan FP militer tertentu yang disebut “Nirvash” di atas kapal angkut militer Jepang dalam keinginannya yang kuat untuk melindungi pulau itu.