Setelah lima tahun memendam perasaan yang tak terucapkan, seorang siswa SMA bernama Taiju Ooki akhirnya siap untuk menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat ketika Taiju memulai pengakuannya, sebuah cahaya hijau yang menyilaukan menghantam Bumi dan membatu umat manusia di seluruh dunia-mengubah setiap manusia menjadi batu.

Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan mendapati dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang pesat selama manusia tidak bergerak. Di antara dunia batu yang penuh dengan patung-patung, Taiju bertemu dengan satu manusia yang masih hidup: temannya yang sangat menyukai ilmu pengetahuan, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan sebuah rencana besar-untuk meluncurkan kebangkitan peradaban sepenuhnya dengan sains. Kekuatan Taiju dan otak Senkuu bergabung untuk membentuk kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang telah membatu.

Namun, rencana besar Senkuu terancam ketika ideologinya ditantang oleh mereka yang terbangun. Sementara itu, alasan pembekuan umat manusia masih belum diketahui.