Penampakan makhluk misterius yang dikenal sebagai “Hantu Hologram” telah menjadi topik populer di jejaring sosial selama beberapa tahun terakhir. Menurut rumor yang beredar, beberapa orang telah menjadi korban penampakan hantu ini. Mereka yang beruntung bisa selamat dari pertemuan mereka dengan makhluk paranormal itu, mengklaim bahwa mereka menyerupai hologram yang terganggu.

Siswa sekolah menengah Hazakura Academy, Hiro Amanokawa, percaya bahwa penampakan-penampakan ini hanyalah legenda urban. Namun, ketika frekuensi kejadian mulai meningkat, dia teringat akan hari ketika ayahnya tiba-tiba menghilang, dengan jam tangan digital yang aneh yang menjadi satu-satunya peninggalan dari kepergiannya. Sama seperti penampakan lainnya, apa yang terjadi pada ayah Hiro tidak dapat dijelaskan dengan logika konvensional.

Suatu hari, ketika seorang siswa di akademi diserang oleh Hantu Hologram, Hiro dan temannya Kiyoshirou Higashimitarai memutuskan untuk menyelidiki masalah ini. Tanpa disadari oleh Hiro, penyelidikan ini akan menjadi langkah pertama mereka untuk menemukan dunia berbahaya yang sebelumnya tidak diketahui oleh manusia.