Dua tahun setelah pertempuran melawan Eosmon, Davis Motomiya, Ken Ichijouji, Yolei Inoue, Cody Hida, T.K. Takaishi, dan Kari Kamiya bertemu dengan seorang anak laki-laki bernama Rui Owada, yang ditemukan dengan Digivice yang sudah tidak berdaya dan mengklaim dirinya sebagai Digidestined pertama yang pernah ada. Selain itu, seorang Digimon bernama Ukkomon muncul di dunia nyata, yang ingin setiap orang di dunia memiliki pasangan Digimon mereka sendiri.