Shinichi Kudou, seorang siswa sekolah menengah dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah menyelesaikan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua orang yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi dari kegiatan ilegal yang mengganggu. Sayangnya, ia terjebak dalam tindakan itu, sehingga para lelaki itu memberinya obat percobaan yang dirumuskan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya hingga mati.

Namun, yang mengejutkannya, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun. Sempurna menjaga kecerdasan aslinya, ia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan dia ayah, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil alias Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.

Detektif Conan mengikuti Shinichi yang, sebagai Conan, mulai diam-diam menyelesaikan kasus Mouri senior dari balik layar dengan sleuthing yang masih luar biasa keterampilan, sementara secara diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, berharap untuk membalikkan efek obat itu suatu hari nanti.