Kapal perang Aegis Destroyer sedang melakukan latihan publik di Teluk Maizuru di mana, secara kebetulan, sebuah kapal asing yang mencurigakan baru-baru ini terlihat. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki, dan Detective Boys, semuanya mendapatkan tiket untuk menghadiri acara ini. Namun, ketika operasi militer yang sedang berlangsung sedang berlangsung, salah satu anggota kru menemukan lengan kiri seorang letnan yang terputus. Conan kemudian menemukan bahwa seorang mata-mata asing mungkin telah menyusup ke kapal perang untuk mendapatkan informasi rahasia dengan cara apa pun yang diperlukan. Jika informasi tersebut bocor, garis pertahanan Jepang akan terekspos, membuat negara ini tidak terlindungi dari serangan musuh.

Dengan bantuan polisi di laut sementara teman dan sekutu lainnya menyelidiki di daratan, Conan sekarang harus mencegah krisis nasional ini dan mengidentifikasi mata-mata itu demi Jepang.