Di bawah kegelapan malam, seorang samurai bertopeng membunuh lima pria di seluruh metropolis Jepang: tiga di Tokyo, satu di Osaka, dan yang terakhir di Kyoto. Dalam penyelidikan mereka, polisi mengetahui bahwa setiap pria tersebut adalah anggota Genjibotaru—sebuah geng pencuri yang berfokus pada pencurian patung dan artefak Buddha, dan yang dikenal sebagai pelayan Minomoto no Yoshitune.

Tanpa motif yang jelas atau petunjuk tentang identitas anggota lainnya, kasus ini mandek hingga sebuah kuil di Kyoto memanggil detektif terkenal Kogorou Mouri. Setelah menerima surat anonim yang berisi teka-teki aneh, para biksu kuil meminta bantuannya untuk memecahkan teka-teki tersebut guna mengembalikan patung yang hilang lama. Sementara itu, Conan Edogawa dan detektif SMA Heiji Hattori bekerja sama untuk memecahkan teka-teki misterius dan menemukan pembunuh, sementara Hattori mencari cinta masa kecilnya.

Dengan pengetahuan Hattori tentang Kyoto, keduanya menyusuri jalan-jalan dan secara bertahap menemukan kebenaran, tetapi sebelum pembunuh itu menyerang lagi—membunuh anggota Genjibotaru lainnya dan, setelah beberapa kali mencoba membunuh Hattori, akhirnya menculik kekasih masa kecil Hattori. Hanya dengan bekerja sama untuk mengungkap petunjuk yang tersembunyi, Conan dan Hattori dapat berharap menghentikan pembantaian samurai pemberontak dan menyelamatkan cinta Hattori.