Pada suatu sore yang hujan, Detektif Muda menyaksikan sebuah pembunuhan di seberang jalan. Terhalang oleh lalu lintas, pelaku melarikan diri, dan Conan Edogawa ditinggalkan dengan satu petunjuk oleh seorang detektif yang sekarat. Beberapa hari kemudian, seorang detektif lain ditemukan tewas di sebuah parkir mobil, membuat polisi terkejut. Mencurigai bahwa pelaku adalah salah satu dari mereka sendiri, semua anggota kepolisian yang tidak memiliki alibi menjadi tersangka. Namun, meskipun dalam keadaan siaga tinggi, mereka dikalahkan dan mengalami serangan lain—kali ini Ran Mouri terjebak dalam tembak-menembak.

Traumatis, Ran terbangun di rumah sakit dengan amnesia retrograde, tidak mengingat apa pun tentang hidupnya. Setelah dibebaskan, ia berjuang untuk mengingat masa lalunya dan merasa takut tidak akan bisa mengembalikan ingatannya sebelum menjadi target pembunuh karena apa yang ia saksikan. Sementara ia dijaga oleh teman dan keluarganya, Conan harus mengumpulkan petunjuk dan menemukan siapa pembunuh itu sebelum mereka menyerang lagi.