“Sang Gembala,” sebuah legenda urban Akademi Shiomi, konon menampakkan diri di hadapan para siswa yang rajin belajar untuk mengabulkan permintaan mereka.

Saat asyik membaca buku di Perpustakaan Besar sekolah yang tersohor, Kyoutarou Kakei, siswa tahun kedua dan presiden de facto Klub Perpustakaan, menerima surel dari Sang Gembala yang meramalkan sebuah peristiwa yang akan mengubah nasibnya. Khawatir dengan pesan tersebut, Kyoutarou bergegas ke stasiun kereta terdekat dan bertemu dengan sesama siswa, Tsugumi Shirasaki, yang ia selamatkan dari tertabrak kereta yang tergelincir. Bersyukur atas tindakan heroiknya, Tsugumi bergabung dengan Klub Perpustakaan dan mengundang Kyoutarou untuk berpartisipasi dalam “Proyek Bahagia Shiomi” yang misterius. Bersama anggota baru klub lainnya, mereka berusaha menjadikan akademi tempat yang lebih baik dan mengungkap identitas Sang Gembala yang penuh teka-teki.