Sembilan siswa berkumpul di SMA mereka pada malam hari untuk mengucapkan selamat tinggal kepada seorang teman. Seperti kebiasaan di antara banyak siswa SMA, mereka melakukan semacam ritual agar mereka tetap berteman selamanya, dengan menggunakan jimat kertas kecil yang berbentuk seperti boneka.

Namun, para siswa tidak menyadari bahwa jimat-jimat tersebut terhubung dengan Heavenly Host Academy-sebuah sekolah dasar yang dihancurkan beberapa tahun yang lalu setelah serangkaian pembunuhan mengerikan terjadi, sekolah yang berada di bawah fondasi Akademi Kisaragi milik mereka sendiri. Sekarang, terjebak dalam dimensi alternatif dengan hantu-hantu pendendam dari masa lalu, para siswa harus bekerja sama untuk melarikan diri-atau bergabung dengan roh-roh terkutuk selamanya.

Pesta bagi para penggemar misteri, penyuka darah, dan penggemar horor, Corpse Party: Tortured Souls – Bougyakusareta Tamashii no Jukyou menunjukkan pandangan serius tentang penebusan, pengorbanan, dan bagaimana masa lalu selalu ada di belakang, terkadang terlalu dekat untuk membuat kita merasa nyaman.