Setibanya di stasiun kereta kematian, sebuah jiwa yang tidak murni diberikan kesempatan kedua untuk hidup di luar keinginannya. Bereinkarnasi ke dalam tubuh Makoto Kobayashi, seorang anak laki-laki berusia 14 tahun yang baru saja melakukan bunuh diri, jiwa tersebut ditugaskan untuk mengidentifikasi dosa terbesar anak laki-laki itu dalam batas waktu enam bulan. Meskipun tetap enggan untuk melanjutkan hidup sebagai Makoto, sang jiwa segera mulai menyadari kompleksitas emosi dan tindakan manusia.

Mendekonstruksi gagasan tentang keluarga yang retak dan bunuh diri, Colorful mengeksplorasi seluk-beluk perjuangan sehari-hari yang dihadapi manusia, tetapi mereka terlalu malu untuk menghadapinya.