Setelah meraih kemenangan ajaib dalam serangkaian pertempuran melawan Angkatan Darat Britania, Lelouch Lamperouge telah membawa Ksatria Hitam, organisasi paramiliternya, ke kondisi yang lebih kuat dari sebelumnya. Tidak ada yang tampak mustahil baginya ketika dia memanfaatkan kekuatan militer, kecerdasan, dan kekuatan Geass-nya yaitu ketaatan mutlak.

Namun, rintangan dalam menghadapi pemberontakan tidak pernah berhenti, menempatkan Lelouch dalam situasi yang sulit. Yang paling mengkhawatirkan, kehebatan tempur Suzaku Kururugi dan kemunculan seorang anak misterius bernama V.V. mengancam untuk mengakhiri pemberontakan besar Lelouch.