Setelah bertahun-tahun perang tanpa hasil antara empat dunia Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee, dan Leanbox) untuk memperebutkan energi Share, sumber kekuatan mereka yang didasarkan pada seberapa besar kepercayaan mereka terhadap dewa-dewi mereka, keempat dunia yang memerintah akhirnya menandatangani perjanjian persahabatan. Perjanjian ini melarang segala upaya untuk merebut energi Share melalui kekuatan militer, dengan harapan dapat membawa perdamaian dan kemakmuran bagi dunia mereka. Namun, sebulan setelah perjanjian tersebut, Neptunus, sang Dewi CPU Planeptunus, menghabiskan waktunya untuk bersenang-senang dan bermain game daripada melakukan tugasnya, membuat Share di negerinya anjlok.

Choujigen Game Neptunus The Animation mengikuti upaya Neptunus dan teman-temannya untuk meningkatkan Saham, sambil menghadapi ancaman eksternal yang dapat menjadi akhir dari para Dewi dan industri game itu sendiri…