Setelah menyelesaikan Vanguard High School Koshien, Kouji Ibuki mulai mengalami mimpi buruk baru. Nome Tatsunagi menyuruh Suiko memanggilnya ke rumah besar di mana mereka mengetahui bahwa ia dapat melihat Menara Kegelapan yang disebut Sanctuary. Sanctuary menyebabkan garis waktu berubah sepanjang sejarah, dan satu-satunya cara untuk memperbaikinya adalah Kouji harus memperbaiki kesalahannya di masa depan. Sekarang Kouji dan Suiko harus menjelajahi dunia paralel -jika- dan menyaksikan para gadis ajaib Emi Sendou dan Shuka memanggil unit Vanguard untuk membantu memperbaiki sejarah. Sayangnya, keduanya tidak dapat membantu banyak, karena pertarungan kartu melawan monster sungguhan tidak banyak membantu.