Captain Tsubasa adalah kisah penuh semangat dari seorang siswa sekolah dasar yang pikiran dan mimpinya hampir seluruhnya berkisar pada kecintaannya terhadap sepak bola. Tsubasa Oozora yang berusia 11 tahun mulai bermain sepak bola di usia yang sangat muda, dan meskipun sebagian besar hanya merupakan olahraga rekreasi bagi teman-temannya, namun baginya, sepak bola telah berkembang menjadi semacam obsesi.

Untuk mengejar mimpinya sebaik mungkin di sekolah dasar, Tsubasa pindah bersama ibunya ke kota Nankatsu, yang terkenal dengan tim sepak bola sekolah dasar yang luar biasa. Namun, meskipun ia dengan mudah menjadi yang terbaik di kota lamanya, Nankatsu memiliki lebih banyak persaingan, dan ia akan membutuhkan semua keterampilan dan bakatnya untuk bisa menonjol di tengah-tengah kerumunan orang yang baru.

Dia tidak hanya bertemu dengan saingan, tetapi juga teman-teman baru seperti gadis cantik Sanae Nakazawa dan kiper berbakat, Genzo Wakabayashi, yang memiliki hasrat yang sama dengan Tsubasa, dan akan menjadi teman yang sangat berharga dalam membantunya meraih mimpinya. Mewakili Jepang di Piala Dunia FIFA adalah impian utama Tsubasa, namun dibutuhkan lebih dari sekadar bakat untuk mencapainya.