Setelah sepasang penyerang misterius menyerang Rukia Kuchiki dan menghapus ingatannya saat dia berada di Seireitei, Ichigo Kurosaki, seorang pengganti Soul Reaper, sementara lupa akan Rukia, hingga dia diingatkan oleh Kon, seorang Underpod Mod-Soul. Bingung, dia mencari pemilik toko permen di kotanya, Kisuke Urahara, yang membuka jalan menuju Seireitei untuk mereka. Ichigo kemudian terkejut menemukan bahwa sekutunya di Seireitei, para Shinigami dari Soul Society, telah melupakannya.

Diwarnai dengan aksi, Kimi no Na wo Yobu mengikuti Ichigo dan Kon saat mereka bertarung melawan mantan rekan mereka sambil mencari Rukia yang hilang dan mengungkap penyerangnya sebelum mereka menyerang lagi.