Koyomi Araragi, seorang siswa kelas tiga SMA, berhasil selamat dari serangan vampir dengan bantuan Meme Oshino, seorang pria aneh yang tinggal di sebuah bangunan yang terbengkalai. Meskipun telah diselamatkan dari vampir dan sekarang menjadi manusia kembali, beberapa efek samping seperti kemampuan penyembuhan manusia super dan penglihatan yang lebih baik masih tersisa. Terlepas dari itu, Araragi mencoba untuk menjalani kehidupan sebagai siswa normal, dengan bantuan temannya dan ketua kelas, Tsubasa Hanekawa.

Ketika teman sekelasnya, Hitagi Senjougahara terjatuh dari tangga dan ditangkap oleh Araragi, anak laki-laki itu menyadari bahwa gadis itu tidak memiliki berat badan yang wajar. Meskipun Senjougahara memprotes, Araragi bersikeras untuk menolongnya, dan memutuskan untuk meminta bantuan Oshino, orang yang pernah menolongnya dalam kesulitannya.

Melalui beberapa kisah yang melibatkan setan dan dewa, Bakemonogatari mengikuti Araragi saat ia berusaha membantu mereka yang menderita penyakit supernatural.