Kelompok prajurit yang dikenal sebagai Blue Steel melanjutkan misi mereka untuk mengirimkan cetak biru Vibration Warhead Torpedo-sebuah senjata yang dapat mengubah keadaan perang menjadi menguntungkan mereka-kepada Amerika Serikat. Namun, ancaman baru muncul dari musuh mereka, Armada Kabut yang luar biasa dalam bentuk “The Student Council.” Ini adalah sekelompok kapal perang yang terdiri dari Model Mental yang tersisa-avatar humanoid kapal-yang belum pernah menghadapi kapten Blue Steel yang tidak dapat diprediksi, Gunzou Chihaya.

Ketika Blue Steel semakin dekat untuk memahami asal-usul otoritas yang mengendalikan musuh, masa lalu Iona mulai mengungkapkan mengapa perang dimulai dan alasannya untuk memihak umat manusia.