Mencapai masa kehidupan di mana mereka bukan lagi anak-anak dan juga bukan orang dewasa, Hanabi Ayase dan Aoi Yui yang berusia 12 tahun bertemu dengan peristiwa yang mengubah hidup mereka. Karena sikap nakal teman sekelas prianya, Ayase tidak terlalu memikirkan lawan jenis. Namun, pandangannya mulai berubah setelah ia dipasangkan dengan Takao Yuuto yang baik hati untuk tugas kelas dan secara tak terduga berbagi ciuman pertama mereka satu sama lain di atap sekolah.

Dengan sahabatnya yang menemukan cinta, Aoi ingin sekali mencari cintanya sendiri. Dia mendapati dirinya jatuh cinta pada Kazuma Hiyama yang terburu-buru setelah melindunginya dari pelamar yang ditolak yang telah berbicara di belakangnya.

12-sai.: Chicchana Mune no Tokimeki mengikuti keempatnya dalam fase masa remaja. Saat mereka tumbuh bersama, roman manis ini menggambarkan kepolosan dan kegembiraan cinta pertama.